La historia relata que el municipio de La Capilla era antiguamente una vereda del Municipio de Tenza, el nombre de LA CAPILLA proviene de la aparición de la virgen de La Candelaria (cerca al riachuelo la Gusba), y en su honor se construyó una capilla, de ahí se deriva el nombre que actualmente lleva el municipio.
Los primeros habitantes antes de la conquista fueron las tribus indígenas (chibchas) que habitaron dicha región quienes pertenecieron al imperio o federación de Tunja, especialmente a los caciques locales de Garagoa, Somondoco, y Sutatenza. La población de la época colonial y posteriormente mestizaje entre indígenas y conquistadores españoles y desde finales del siglo XIX a comienzos del siglo XX, de algunas oleadas de colonos venidos de otras regiones (principalmente de Cundinamarca, Santander y pie de monte llanero).
Desde sus comienzos, el municipio se caracterizo por su vocación agrícola propia de la tierra temblada. Las tierras después de haber sido propiedad indígena, pasaron a ser parte de los partidos o capitanías distribuidos en los resguardos determinados por las autoridades coloniales; el terreno era generalmente quebrado, presentaba un laberinto de lomas, hoyas, quebradas, pequeñas altiplanicies y valles, por el norte y occidente se observa un ramal de la cordillera de los andes.
Este territorio en época de la conquista estaba cubierto de bosques y algunos pocos cultivos, la mayor parte de los pobladores vivían dedicados a la fabricación de loza, con que abastecían los indios del valle y de otros lugares circundantes.
Los conquistadores enviados por Quezada en busca de las esmeraldas del Somondoco estuvieron en este lugar y hallaron hornos y loza cocida, además una estatua de barro cocida con un agujero en el vientre por donde se introducían riquezas; los indios escondían dichas riquezas en una cueva a orillas de La Guaya, llamada “cueva del otro mundo” esta fue obstruida por un derrumbe y tan solo quedó una abertura.
Inicialmente el municipio de la Capilla fue habitado por algunas familias procedentes de otros lugares principalmente de Tenza, del cual fue segregado el municipio de la Capilla, quienes traían diferentes costumbres que con el paso del tiempo se fueron perdiendo, dando origen a un modo particular propio de las condiciones geográficas del municipio.
